Die Idee des Museumsverbandes der Südtiroler Museen wurde von Anfang an maßgeblich von Vertreter:innen der Meraner Museen, insbesondere des Frauenmuseums Meran und des Stadtmuseums Meran, aber auch der Brunnenburg und des Grödner Museums. Im Jahr 2004 fand schließlich die erste Gründungsversammlung des Südtiroler Museumsvereins im Frauenmuseum statt. Der Verein dient als Vermittlungsstelle zwischen der Provinz und den privaten oder kommunalen Museen, als überparteiliche und unabhängige Vertretung und vor allem als Plattform für gemeinsame Lösungsansätze museumsspezifischer Probleme im öffentlichen Raum.

Von 2004 bis 2013 befand sich der Sitz des Vereins im Frauenmuseum Meran und Sissi Prader war mehrere Jahre lang Ehrenvorsitzende. Seit 2013 gibt es ein eigenes Büro in der Abteilung Landesmuseen in der Pascolistraße 2/a in Bozen. Dem Dachverband gehören derzeit mehr als 50 private oder kommunale Museen an.